Cikal bakal berdirinya Madrasah Aliyah (MA) Plus Keterampilan Nurul Qarnain bermula dari sebuah dinamika kebutuhan pendidikan di wilayah Sukowono. Meski pada awal perencanaannya cita-cita luhur pendiri pesantren adalah mendirikan Madrasah Tsanawiyah, namun mendesaknya kebutuhan masyarakat membuat kemudi kebijakan diarahkan untuk memprioritaskan jenjang Aliyah terlebih dahulu.
Pertimbangan ini diambil mengingat kehadiran sekolah menengah atas berbasis keislaman yang dipandang sebagai urgensi yang sangat mendesak bagi masyarakat setempat pada masa itu. Langkah besar ini lahir dari sebuah pertemuan khidmat pada suatu malam Kamis di tahun 1992. Ketika itu Pengasuh Pesantren Nurul Qarnain memberikan amanah kepada Bapak Haji Imam Syafi’i untuk merintis lembaga ini.
Motivasi utama adalah misi kemanusiaan dan pendidikan memberantas kebodohan serta menekan angka kemiskinan melalui jalur akademis. Dengan dukungan tokoh-tokoh kunci seperti Bapak Mahfudz dan Bapak Syahri, komitmen tersebut dikukuhkan melalui rapat internal yang menjadi titik tolak sejarah berdirinya madrasah.
Masa awal berdirinya Madrasah Aliyah merupakan fase yang penuh tantangan. Sebagai lembaga pendidikan formal pertama yang murni dimiliki oleh pesantren, para perintis harus bekerja keras di tengah keterbatasan. Rasa tanggung jawab yang besar menjadi penggerak bagi para tokoh pendiri untuk terus memajukan madrasah secara sungguh-sungguh.
Ketulusan dalam mengemban amanah inilah yang kemudian membuahkan hasil dengan diterimanya santri pertama pada pertengahan tahun 1992. Hal inilah yang menandai operasional resmi lembaga di bawah naungan Departemen Agama. Hadir dengan identitas "Plus Keterampilan", Madrasah Aliyah Nurul Qarnain memadukan penguasaan ilmu agama dan umum dengan pembekalan keterampilan hidup (life skills).
Visi ini bertujuan agar para santri tumbuh menjadi pribadi yang mandiri, tangguh, dan siap menghadapi realitas kehidupan yang kompleks. Kini, dedikasi tersebut telah membuahkan hasil nyata melalui kiprah para alumni yang berkontribusi di berbagai sektor, mulai dari pendidikan, pemerintahan, hingga kewirausahaan. Harapan besar senantiasa teriring agar madrasah ini terus menjadi institusi yang diberkahi Allah SWT dalam melahirkan generasi unggul yang relevan dengan tantangan zaman.